Цей вид модрини має відрізняються від інших її видів злегка закручені по спіралі гілки і червонувато-коричневу тріщинувату кору. За рік дерево приростає на 25 см вгору і завширшки на 10-15 см . Плодоносить із 15-20-го року життя. Товсті і довгі гілки цього красивого дерева розташовані майже горизонтально і створюють крону, що формою нагадує широку піраміду.
Восени хвоя цієї модрини набуває яскраво-жовтий тон набагато пізніше, ніж хвоя у модрини інших видів, за рахунок цього модрина японська виглядає в ландшафтних композиціях як яскрава пляма, що привертає увагу.
Шишки у дерева кулястої форми, жовтувато-зеленого кольору, з шкірястими та тонкими лусочками, відігнутими, як пелюстки троянд. На гілках шишки можуть зберігатися до трьох років, утворюючи дрібне насіння світло-коричневого кольору.
Ці дерева стійкі до впливу низьких температур, але вибагливі до ґрунтового складу. Вони непогано розвиваються за умов міста.
Швидке зростання та морозостійкість зумовили широке використання модрини японської як елемента пейзажних композицій, а також ландшафтного дизайну у вигляді одиночних посадок.
За декоративними властивостями у даної модрини гарна сумісність у посадках з сосною, ялиною, ялівцем, а також з липою, ясенем дубом та багатьма іншими рослинами. Так що по можливості гармонійно поєднуватися з іншими рослинами це дерево універсально.
